农村合作医疗基金是由农民(mín)自愿缴纳、集體(tǐ)扶持、政府资助的民(mín)办公助社会性资金，要按照以收定支、收支平衡和公开、公平、公正的原则进行管理(lǐ)，必须专款专用(yòng)，专户储存，不得挤占挪用(yòng)。
   （一）农村合作医疗基金由农村合作医疗管理(lǐ)委员会及其经办机构进行管理(lǐ)。农村合作医疗经办机构应在经管理(lǐ)委员会认定的國(guó)有(yǒu)商(shāng)业银行设立农村合作医疗基金专用(yòng)账户，确保基金的安全和完整，并建立健全农村合作医疗基金管理(lǐ)的规章制度，按照规定合理(lǐ)筹集、及时审核支付农村合作医疗基金。
   （二）农村合作医疗基金中农民(mín)个人缴费及乡村集體(tǐ)经济组织的扶持资金，原则上按年由农村合作医疗经办机构在乡（镇）设立的派出机构（人员）或委托有(yǒu)关机构收缴，存入农村合作医疗基金专用(yòng)账户；地方财政支持资金，由地方各级财政部门根据参加新(xīn)型农村合作医疗的实际人数，划拨到农村合作医疗基金专用(yòng)账户；中央财政补助中西部地區(qū)新(xīn)型农村合作医疗的专项资金，由财政部根据各地區(qū)参加新(xīn)型农村合作医疗的实际人数和资金到位等情况核定，向省级财政划拨。中央和地方各级财政要确保补助资金及时、全额拨付到农村合作医疗基金专用(yòng)账户，并通过新(xīn)型农村合作医疗试点逐步完善补助资金的划拨办法，尽可(kě)能(néng)简化程序，易于操作。要结合财政國(guó)库管理(lǐ)制度改革和完善情况，逐步实现财政直接支付。关于新(xīn)型农村合作医疗资金具體(tǐ)补助办法，由财政部商(shāng)有(yǒu)关部门研究制定。
   （三）农村合作医疗基金主要补助参加新(xīn)型农村合作医疗农民(mín)的大额医疗费用(yòng)或住院医疗费用(yòng)。有(yǒu)条件的地方，可(kě)实行大额医疗费用(yòng)补助与小(xiǎo)额医疗费用(yòng)补助结合的办法，既提高抗风险能(néng)力又(yòu)兼顾农民(mín)受益面。对参加新(xīn)型农村合作医疗的农民(mín)，年内没有(yǒu)动用(yòng)农村合作医疗基金的，要安排进行一次常规性體(tǐ)检。各省、自治區(qū)、直辖市要制订农村合作医疗报销基本药物(wù)目录。各县（市）要根据筹资总额，结合当地实际，科(kē)學(xué)合理(lǐ)地确定农村合作医疗基金的支付范围、支付标准和额度，确定常规性體(tǐ)检的具體(tǐ)检查项目和方式，防止农村合作医疗基金超支或过多(duō)结余。
   （四）加强对农村合作医疗基金的监管。农村合作医疗经办机构要定期向农村合作医疗管理(lǐ)委员会汇报农村合作医疗基金的收支、使用(yòng)情况；要采取张榜公布等措施，定期向社会公布农村合作医疗基金的具體(tǐ)收支、使用(yòng)情况，保证参加合作医疗农民(mín)的参与、知情和监督的权利。县级人民(mín)政府可(kě)根据本地实际，成立由相关政府部门和参加合作医疗的农民(mín)代表共同组成的农村合作医疗监督委员会，定期检查、监督农村合作医疗基金使用(yòng)和管理(lǐ)情况。农村合作医疗管理(lǐ)委员会要定期向监督委员会和同级人民(mín)代表大会汇报工作，主动接受监督。审计部门要定期对农村合作医疗基金收支和管理(lǐ)情况进行审计。